01.自治区水利厅机关
02.自治区水利科技推广总站
03.新疆水利水电规划设计管理局（自治区流域规划委员会办公室）
04.自治区水利厅网络信息中心
05.自治区水利外资项目中心
06.自治区灌溉排水发展中心（自治区灌溉中心试验站）
07.自治区水政监察总队
08.自治区水利厅乌拉泊水库绿化工程管理站
09.自治区水利管理总站（自治区大坝水闸安全管理中心）
10.自治区水利经济民警大队
11.自治区水利厅会计核算中心
12.自治区农村饮水安全管理总站
13.自治区水电及农村电气化发展中心
14.自治区农牧水利资金监督检查所
15.自治区防汛抗旱服务中心
16.自治区水土保持生态环境监测总站
17.自治区塔里木河流域管理局
18.自治区塔里木河流域管理局机关
19.自治区塔里木河流域管理局信息中心
20.自治区塔里木河流域干流管理局
21.自治区塔里木河流域干流管理局机关
22.自治区塔里木河流域干流管理局上游管理处
23.自治区塔里木河流域干流管理局中游管理处
24.自治区塔里木河流域干流管理局下游管理处
25.自治区塔里木河流域水政监察分队
26.自治区塔里木河流域管理局驻乌鲁木齐办事处
27.自治区塔里木河流域喀什管理局
28.自治区塔里木河流域巴音郭楞管理局
29.自治区塔里木河流域阿克苏管理局
30.自治区塔里木河流域和田管理局
31.新疆下坂地水利枢纽工程建设管理局
32.自治区塔里木河流域希尼尔水库管理局
33.新疆水利水电学校（新疆水利水电技工学校，河海大学乌鲁木齐教学中心）
34.自治区水文局
35.自治区水文局
36.乌鲁木齐水文勘测局
37.石河子水文勘测局
38.昌吉水文勘测局
39.哈密水文勘测局
40.吐鲁番水文勘测局
41.博尔塔拉水文勘测局
42.和田水文勘测局
43.克孜勒苏水文勘测局
44.阿克苏水文勘测局
45.阿勒泰水文勘测局
46.喀什水文勘测局
47.伊犁水文勘测局
48.塔城水文勘测局
49.巴音郭楞水文勘测局
50.自治区水文局水文实验站
51.自治区水文分析计算中心
52.自治区水文信息中心
53.自治区水环境监测中心
54.塔里木河流域执行委员会办公室
55.自治区水利厅机关服务中心
56.新疆克孜尔水库管理局
57.自治区乌鲁瓦提水利枢纽管理局
58.新疆头屯河流域管理局
59.新疆头屯河流域管理局水利管理中心
60.新疆头屯河流域管理局
61.新疆玛纳斯河流域管理局
62.新疆玛纳斯河流域管理局水利管理中心
63.新疆玛纳斯河流域管理局
64.新疆金沟河流域管理局
65.新疆金沟河流域管理局水利管理中心
66.新疆金沟河流域管理局
67.新疆喀什噶尔河流域管理局
68.新疆喀什噶尔河流域管理局水利管理中心
69.新疆喀什噶尔河流域管理局
70.新疆维吾尔自治区水利厅水土改良实验场
71.新疆白杨河流域管理局
72.新疆白杨河流域管理局水利管理中心
73.新疆白杨河流域管理局
74.新疆维吾尔自治区吉音水利枢纽工程建设管理局
75.新疆维吾尔自治区卡拉贝利水利枢纽工程建设管理局
76.新疆维吾尔自治区水资源中心
77.新疆维吾尔自治区水利厅建设管理与质量安全中心
78.新疆维吾尔自治区水利厅水资源规划研究所
79.新疆维吾尔自治区寒旱区水资源与生态水利工程研究中心（院士专家工作站）
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