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中亚学院是中亚区域经济合作机制下的智库，旨在通过开展知识分享与能力建设等活动，推动区域互联互通和经贸合作。截至目前，中亚学院共与20家机构建立了战略合作伙伴关系。其中，国际组织战略合作伙伴6家，分别是亚洲开发银行、联合国工发组织、国际粮食政策研究所、欧洲-高加索-亚洲运输走廊组织、内陆发展中国家国际智库和国际金融论坛；中国战略合作伙伴9家，分别是新疆财经大学、新疆生地所、新疆标准化研究院、中国财政科学研究院、厦门国家会计学院、北京国家会计学院、北京工商大学、深圳大学、中国农业发展银行；区域内其他国别战略合作伙伴4家，分别是巴基斯坦可持续政策发展研究所、巴基斯坦发展经济研究所、阿塞拜疆经济与科学研究所和阿塞拜疆经济改革与分析中心；区域外战略合作伙伴1家，布鲁塞尔欧洲亚洲研究院。

此外，中亚学院牵头成立了CAREC智库联盟，成员覆盖了CAREC区域内60余家智库和大学。